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Un scientifique tenta de cloner des Pokémon pour une personne appelée Giovanni. Mais un secret se cache derrière cela...en vérité ce qu'il veut le plus c'est tenter de cloner sa fille décédée, afin de la revoir. Les clones sont en "repos", mais ils peuvent communiquer entre eux.
Mewtwo, qui est le dernier, ne connais absolument rien au monde.Amber va lui apprendre les bases de la vie...
Cependant, quelque chose de tragique arriva...
Les clones de Bulbizarre, Salamèche et Carapuce commencèrent à disparaitre, puis se fût Amber...n'ayant pas assez d'énergie pour survivre...Mewtwo fût le seul survivant, cependant à cause du sérum qui lui a été injecté pour le calmer s'est enformi pendant longtemps et maintenant il ne se souvient de rien.